香港海关在一次例行海上巡逻中，查获一艘藏有大批杀伤力武器的货船，调查过程中遭遇一群海外势力轰炸抢夺。为追查走私真相，张允南（张学友饰）派出下属周正礼（谢霆锋饰）与国际刑警一同远赴海外，辗转庞大而复杂的军火黑市，顶着漫天炮火追查线索的周正礼刚有眉目，噩耗却突然从香港传来，原来军火失窃另有隐情……

香港海关在一次例行海上巡逻中，查获一艘藏有大批杀伤力武器的货船，调查过程中遭遇一群海外势力轰炸抢夺。为追查走私真相，张允南（张学友饰）派出下属周正礼（谢霆锋饰）与国际刑警一同远赴海外，辗转庞大而复杂的军火黑市，顶着漫天炮火追查线索的周正礼刚有眉目，噩耗却突然从香港传来，原来军火失窃另有隐情……

　　第一部中，小马哥（周润发 饰）死在乱枪之下，宋子豪（狄龙 饰）和弟弟宋子杰（张国荣 饰）冰释前嫌，英雄的故事还在继续。　　警方怀疑宋子豪的恩师龙四（石天 饰）利用船厂做掩护，暗中操纵伪钞集团，派宋子杰去接近龙四的女儿小辉，做卧底，宋子豪为了弟弟的安全，不得不假释出狱，协助警方调查。　　其实，龙四对手下的犯罪行为并不知情，他被亲信高英培陷害，不得不逃亡纽约，女儿的被害，使他精神失常，在小马哥弟弟阿健（周润发 饰）的帮助和保护下，才渐渐恢复神智。出于道义，阿健放弃了经营多年的餐厅，同龙四共同返港。　　香港这边，宋氏兄弟几近艰险终于获得了高英培的信任，掌握了伪钞集团的犯罪证据，和阿健、龙四会和后，四人策划了火爆的复仇行动，也付出了鲜血甚至性命的代价。

　　神勇重案组督察李修遭匪首郭岭南报复，伤妻丧儿，李从狱中引出岭南之旧伙伴朱宇作线眼，设计辑捕岭南。　　朱宇起初虚与委蛇，一面假意协助修，实则暗中安排起回赃款与爱侣莲娜远走高飞，并导至修失职被扣押。最后因莲娜遭岭南杀死，朱宇大恸，遂诚意与修合作找寻岭南，在码双方展开一场殊恐战。